Pada tahun 1962 terbentuk Dinas Pendapatan Daerah Kota Bogor yang pada saat itu bernama Dinas Perpajakan. Kegiatannya masih terbatas pada kegiatan Sub Bagian Keuangan Sekretariat Kotamadya DT. II Bogor yang terletak di Jalan Merdeka Bogor.

Pada tahun 1979 mengacu pada Peraturan Daerah Kotamadya Bogor Nomor 2  Tahun 1979 tentang Susunan Organisasi Tata Kerja Dinas Pendapatan Daerah Kotamadya DT. II Bogor terbentuk Dinas Pendapatan dan Perpajakan yang berlokasi di Jalan Suryakencana No. 162 Bogor.

Sesuai dengan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor : 973-442 tanggal 26 Mei 1988 tentang Prosedur Perpajakan dan Retribusi Daerah Tingkat II Bogor, Pemerintah Kotamadya Bogor menerbitkan Surat Keputusan Walikotamadya DT. II Bogor tanggal 1 Agustus 1988 tentang Prosedur Perpajakan dan Retribusi Daerah di Kotamadya DT. II Bogor.

Pada tahun 1990 melalui Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 1990 tanggal 10 Agustus 1990 terbentuk Struktur Organisasi Dinas Pendapatan Daerah.

Pada tanggal 3 Juni 1996 kantor  Dinas Pendapatan Daerah pindah ke Jalan Kapten Muslihat No. 21, sejak 3 Februari 2004 sampai sekarang Dinas Pendapatan Daerah Kota Bogor berlokasi di Jalan Pemuda No. 31 Bogor.

Sebagaimana amanat dari Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, Kota Bogor telah menerbitkan Peraturan Daerah Kota Bogor Nomor 13 Tahun 2008 tanggal 26 September 2008 tentang Organisasi Perangkat Daerah Kota Bogor. Melalui Peraturan Daerah tersebut Dinas Pendapatan Daerah Kota Bogor berubah menjadi Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (DPPKAD) Kota Bogor.

Pada tahun 2011 mengacu kepada Peraturan Daerah Kota Bogor Nomor 3 Tahun 2010 tanggal 24 Agustus 2010 tentang Organisasi Perangkat Daerah, maka Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (DPPKAD) Kota Bogor dipisah menjadi Dinas Pendapatan Daerah Kota Bogor dan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah Kota Bogor.

Pada tahun 2017 Dinas Pendapatan Daerah Kota Bogor menjadi Badan Pendapatan Daerah Kota Bogor sesuai dengan Peraturan Daerah Kota Bogor Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Organisasi Perangkat Daerah Kota Bogor.

Adapun pejabat yang pernah menduduki jabatan sebagai Kepala Dinas/Badan sejak tahun 1962 sampai sekarang adalah sebagai berikut :

1. Soepriya (1962 – 1973)
2. Ahmad Adroi Syuti, BA (1973 – 1978)
3. Usman Zakaria (1978 – 1985)
4. Daslim Saibi, SH (1985 – 1990)
5. Tasbi Hadi (1990 – 1996)
6. Taman Ketaren (1996 – 1999)
7. HM Djumala (1999 – 2001)
8. Bambang Gunawan S, SH., MSi (2001 – 2006)
9. Hj. Fetty Qondarsyah, MSi (2006 – 2008)
10. Arif Mustofa Budiyanto, MM (2008 – 2009)
11. Bambang Hermanto, SH (2010 – 2011)
12. Denny Mulyadi, SE (2011 – 2014)
13. Daud Nedo darenoh, SE (2014 – 2018)
14. An’an Andri Hikmat SR., AP. MM (2018 – 2019) selaku Plt. Kepala
15. Deni Hendana, M.Si (2019 s/d sekarang)